高雄新濱碼頭直達馬公港的渡輪是目前本島到澎湖最平價的海路選擇，票價 NT$860 起，全年營運，由 澎湖輪（臺灣航業股份有限公司）獨家經營。澎湖輪於 2023 年 9 月 6 日首航，接替航行 34 年的臺華輪，總噸位 9,980 噸、載客 600 人，艙房選擇豐富。日航（09:30 發船）航程約 4.5 小時；夜航（23:00 發船）航程 6–6.5 小時，凌晨抵達馬公，適合希望省下一晚住宿、隔日直接遊玩的旅客。
船班資訊
澎湖輪每日自新濱碼頭出港，日航 09:30、夜航 23:00；馬公端回航則為 09:30 與 16:00。海象惡劣時可能停航，冬季夜航為主要選擇。購票建議透過官方訂票系統 tnc-kao.com.tw 線上預訂，平常日可提前 3–5 天，假日與暑假旺季則建議提前 1 週以上。艙等包含坐臥（最平價，NT$860 起）、臥鋪、頭等（須 4 人同訂）、特等艙（須 2 人同訂），最高艙等票價約 NT$1,700。澎湖輪以「駛上駛下」（RoRo）設計，可同時裝載 80 輛小客車、4 輛大型遊覽車與 10 個貨櫃，適合想自駕遊澎湖的旅客。
上下船後的交通銜接
高雄新濱碼頭上船前： 新濱碼頭位於高雄市鼓山區，緊鄰駁二藝術特區。捷運橘線西子灣站 1 號出口步行約 10 分鐘抵達；亦可搭乘輕軌（駁二大義站或蓬萊站）步行前往。自駕可停放港區周邊收費停車場（日租約 NT$150–250）。
馬公港下船後： 馬公港距市區約 1 公里，步行 15–20 分鐘可進城；馬公總站位於港邊，7 條公車路線可轉運全島，連絡湖西（隘門沙灘）、白沙（跨海大橋、通梁古榕）、西嶼（二崁、外垵）等本島景點。趕行程可在港邊租機車（日租約 NT$400–600）或計程車直達民宿；若有自帶車輛，澎湖輪提供 RoRo 駛上駛下服務免換車。大型行李可寄放馬公港旅客服務中心數小時。