馬公港公車站是澎湖最重要的水陸交通樞紐。旅客搭船到馬公港後，在這個站點轉乘公車前往澎湖各鄉鎮；本地居民也經常在此上下車，前往湖西、西嶼或澎南地區。站點位在臨海路與港區相鄰，3 條路線在此會車——媽宮北環線（0162）往西嶼跨海大橋方向，媽宮湖西線（0164）往澎湖機場與湖西鄉北寮、南寮一帶，媽宮澎南線（0165）往山水、風櫃方向，並可配合遠島船班前往望安、七美。每天經過這裡的人潮反映出馬公港的重要性：它不只是交通節點，更是遊客認識澎湖的起點，也是在地人日常通勤的必經之路。
實地位置
公車站位在臨海路 33 號對面，背後緊鄰馬公港務所與漁港區域。站牌清晰標示 3 條路線的編號與目的地，候車亭有簡易頂棚提供基本遮蔽。從馬公港碼頭下船後，沿臨海路向西北方向步行 2–3 分鐘即可抵達。
周邊設施完善，是澎湖旅遊的重要補給點。往北 100 公尺內有多家海鮮餐廳與小吃攤，提供旅客快速用餐的選擇。港邊另有漁獲直銷攤位與澎湖特產小舖，來往於港口的旅客多會在此購買在地特色——海產乾貨、花菜粿、仙人掌冰等。馬公港觀光服務中心就在附近，提供澎湖旅遊諮詢、地圖與住宿協助。往西步行 5 分鐘可達馬公中正路老街與中山路商店街，澎湖最熱鬧的商圈；往南 15 分鐘可抵達馬公總站，7 條路線匯聚的主要轉運樞紐。往東面海則是馬公碼頭與澎湖引水道，傍晚時分港灣風景優美。
搭乘小提醒
上車前請先確認目的地與路線編號，別上錯車。媽宮北環線（0162）服務西嶼全境，經跨海大橋往返；媽宮湖西線（0164）主要服務湖西鄉，停靠澎湖機場、北寮奎壁山、南寮等地；媽宮澎南線（0165）往山水、風櫃一帶，乘客可在馬公港或外垵港口轉乘遠島船班前往望安與七美。
各路線末班車時間不一致，大多在 18:00–20:00 之間。澎南線因涉及船班時間，末班車常隨季節與船班時刻表調整，淡季或遇天候影響時可能更早收車，計畫返港或跨島行程前務必查看本站即時資訊。冬季（11 月–3 月）東北季風強勁，往西嶼與山水方向的班次常延誤 10–20 分鐘，建議預留額外時間。夏季（7 月–9 月）遊客眾多，旅遊旺季班次常滿座，建議提早 10–15 分鐘抵達候車亭排隊，避免誤車。雨季時臨海路有淹水風險，下大雨時請注意前往站點的路線是否積水。