馬公商港是澎湖港區的小型轉運點，3 條路線在此停靠，主要服務港區相關人員、漁業作業者（含漁船人員）、以及往返北寮、尖山、青螺等地的通勤客。站點位於中山路臨港側，距離馬公港漁市步行約 5 分鐘、馬公總站約 10–15 分鐘，是港口與市區幹線之間的接駁樞紐。
實地位置
馬公商港站體位於中山路靠港邊，是簡易候車亭設計，無室內等候區。步行 3 分鐘可抵達馬公港停車場與漁產冷凍廠；步行 5 分鐘到澎湖縣漁會；步行 15 分鐘到馬公總站與中正路商圈。該路段為港區聯絡幹道，潮濕鹹風環境較明顯，冬季東北季風時尤為強勁。
搭乘小提醒
班次有限，需預先查詢： 馬公商港班次較少，依 TDX 快照，0759 北寮線全日僅 2–3 班出發、0767 尖山循環線有多班次、0768 青螺線有 4 班次；請務必查看實時動態或班表後再前往。
主要班次： 北寮線 0759（約 07:10）、尖山循環線 0767（06:29 及 08:12）、青螺線 0768（07:45 及 10:32）。實際班次因日期及季節而異，冬季班次可能更少。
停靠時間短暫： 司機通常不待乘客，班次滿座將不上客。建議提前 5–10 分鐘到站候車。
港區停車困難： 站體周邊為港區聯絡幹道，停車位有限。建議停在馬公港停車場或搭乘計程車。冬季東北季風強勁，海風鹹濕，建議穿著防風衣物。